农业环境与土壤研究所开展水资源、土壤、大气、光、温等农业自然资源的评价、开发利用研究；开展土壤学、农作物营养、农业气象与农业减灾防灾、农业废弃物循环利用研究；开展农业环境污染防控研究，农业环境质量监测、预警、保护与修复研究；开展农业资源保护与土壤肥料利用新技术、新产品的推广应用，技术培训、技术服务；承担国家、省（部）农业资源与土壤肥料研究平台建设与管理，为农业资源保护与高效利用，农业可持续发展提供技术支撑。

内设：办公室、耕地保育研究室、作物营养与施肥研究室、农业环境研究室、农业化学分析测试中心。