本气象站于1958年10月1日建站，1962年4月成立广东省海南黎族苗族自治州气象台。1962年7月接管保亭气候站财产，1962年10月迁移观测场，1965年12月迁移观测场至现址。1969年划归自治州农业站管辖，1974年恢复原来归属。1988年成立海南省通什市气象局，2001年8月改名为海南省五指山市气象局，隶属省直属事业单位，为地方政府双重领导，工作机构实行局、台合一的管理模式。本局负担本行政区域内的大气探测、气象预报预警服务和气象防雷防灾减灾及国家法律法规赋予的相关行政职能。全局现有工作人员17人，其中公务员编人员3人，事业编人员10人，自筹人员4人。内设机构：综合办公室、气象台、综合观测股和防雷技术所。